En este contexto ambas opciones son correctas, es decir: ambas están perfectamente bien gramaticalmente. Sin embargo, la primera (donde se utiliza junto a) es ambigua, porque junto a significa dos cosas:
- "acompañado por, con la ayuda de"
- "(físicamente) al lado de"
Si dices junto a la institución X, algunas personas podrían entender que los datos fueron reunidos y depositados en un lugar físico (un edificio con archivos, por ejemplo) situado a un lado del edificio de la institución X.
En cambio la opción con junto con no es ambigua: junto con significa "acompañado por, con la ayuda o colaboración de" y sólo eso. A mi oído además es un poco más formal y va mejor con esta idea. Por lo tanto yo usaría junto con, o cambiaría la expresión para hacer explícita la idea, diciendo con la ayuda de la institución X.