Desde luego, ni lo de tirar pedazos de pan empapados en un líquido usando un arma ni lo de crear ondulaciones en un caldo parece tener mucho sentido. Sin embargo, todo cobra más sentido si nos fijamos en esta acepción:
sopa de arroyo
- f. coloq. desus. Piedra suelta o guijarro.
Esta acepción, hoy en desuso, estaba vigente hace algunos siglos, como atestiguó el Autoridades en 1739:
SOPA DE ARROYO. En estilo festivo llaman à la piedra suelta, ò guijarro; porque en los arroyos suelen estar unas veces en seco, y otras mojadas, conforme crece, ò mengua el agua de ellos.
Se recoge su uso en la segunda parte del Quijote:
Asaz de locura sería intentar tal empresa: considere vuesa merced, señor mío, que para sopa de arroyo y tente bonete no hay arma defensiva en el mundo, sino es embutirse y encerrarse en una campana de bronce [...].
Se entiende pues el origen: aquel que sea capaz de darle con un guijarro y una honda al oponente es el que demostrará mayor pericia.
En todo caso, la expresión parece relativamente reciente en comparación. El primer caso que encuentro es en la hemeroteca de la BNE:
Y luego, al final, vendrá la lucha con el traidor, que aunque le dé sopas con honda, tendrá que dejarse vencer, porque si no el director se cabrea.
Muchas gracias (Madrid). 13/10/1928, n.º 244, página 8.
En la misma hemeroteca es en 1979 cuando aparece el primer caso de la versión "sopa con ondas". Curiosamente, la versión "sopas con onda" aparece en la misma publicación que la citada anteriormente:
Con el Extraordinario de Primavera, vamos a dar sopas con onda a la Vie Parisienne.
Muchas gracias (Madrid). 28/3/1925, n.º 61, página 15.
Por lo cual se ve que la confusión honda/onda existió desde el primer momento.