El diccionario etimológico abreviado de Corominas nos dice:
GUISA, h. 1140, 'modo, manera'. Del germánico WÏSA íd.; probablemente heredado por todas las lenguas romances del latín vulgar, que lo tomaría del germánico occidental (comp. el alem. weise, ingl. wise).
DERIV. Guisar 'preparar, disponer', h. 1140; 'aderezar la comida', 1490; guisado 'justo, apropiado', med. S. XIII; 'manjar aderezado', S. XVI; [...].
Es decir, que en el siglo XII teníamos guisar como "preparar, disponer", es decir, "poner una cosa a su modo o manera". Entiendo que de aquí se derivó hacia el siglo XV la acepción de "preparar la comida". En el diccionario de Nebrija de 1495 ya se puede leer:
Guisar manjares. condio.is.
Condio en latín significa "sazonar", así que queda claro que el verbo se usaba por entonces para "cocinar".
Vamos pues al CORDE a ver qué nos dicen los textos de la época. En textos de los siglos XIII y XIV parece que se usa exclusivamente en el sentido de "preparar, disponer":
- E pues que uio el Emperador aquel fecho mando guisar su flota & espidiosse de los que fincauan. (1293)
- Et desque esto fue fecho, mandó guisar sus bodas para un día señalado. (1330)
Igualmente se usa guisado como "aquello que "aquello que está en razón y en su punto":
- Ca no es guisado que en un monasterio sean omnes de dos abitos; ni de dos professiones. (1260)
Pero hacia el siglo XV se empiezan a ver textos en los que guisar se sigue usando como preparar, disponer... la comida:
- Ansi maldixo la dueña a lançarote E ansi fizo su duelo E quia les mando guisar muj bien de comer ca los queria reçibir a muj gran honrra. (1414)
- [...] porque quando los cavalleros y gente d'armas ponen gran diligencia en buscar y guisar manjares especiales y viandas esquisitas en tiempo de guerra, no pueden assí entender en los actos de fortaleça [...]. (1455)
- [...] e después una muy grand baxilla de plata labrada de platos y escudillas y bacines y ollas para guisar de comer, que pesava todo diez mil marcos [...]. (1498)
Así, guisar pasó de su sentido como "preparar" (la flota, los navíos, las bodas, etc.) a "preparar la comida" ("guisar de comer"), de ahí ya a "cocinar" y más concretamente a las acepciones actuales de "cocinar al fuego" o "cociendo los alimentos en una salsa":
- Un caballero dio a un criado suyo, vizcaíno, unas turmas de carnero, para que se las guisase; y, a causa de ser muy ignorante diole en un papel por escrito cómo las había de guisar. (1565)
- Dejemos la fruta y comamos sendos pares de huevos, que son frescos, y por no los guisar con aceite, que dicen que es manjar del diablo, los he hecho cocer. (1550)
