El articulo Un esbozo histórico de las formas abreviadas
españolas con índices de continuidad y de suavidad describe el uso y la frecuencia de los distintos tipos de abreviaturas en bastante detalla. Dice que se decayó en desuso en el siglo XVII, al mismo tiempo que los de francés y portugués (los unicos vestigios ya siendo la Ñ en castellano, y los vocales nasales en portugués):
En el siglo XVII decae el uso de la abreviación, como notamos en la obra maestra cervantina, donde las palabras marcadas con línea no están abreviadas a la
manera de lo que ocurría en los casos citados en las obras de siglos anteriores...
Notamos que hay más proporción de letras abreviadas en los siglos xiii y xiv,
menos en los siglos xv y xvi, aún más reducida en el siglo xvii y prácticamente nula
en los siglos xviii y xix.
En particular, aquí son los dados sobre q̃ ("que"):
5.2 q<ue>
La frecuencia de la abreviación de q<ue> es alta y se prolonga hasta el siglo
XVII. Son destacables el descenso total en el Fuero de Alcalá (s. XIII) y las subidas
grandes en General Estoria (s. XIII) y Conde Lucanor (s. XIV-XV). También hay que
notar su uso frecuente en Diálogo de la lengua (s. XVI).