Parece ser que ya desde el origen de los tiempos (es decir, desde el latín), el pretérito perfecto no acababa en s en la segunda persona del singular. De hecho la segunda persona del plural era igual que la segunda persona del singular con una s añadida al final. Por ejemplo, del verbo amare (he destacado en negrita la segunda persona del singular y del plural):
amavi, amavisti, amavit, amavimus, amavistis, amaverunt
En la página 62 de la Gramática castellana, de Antonio de Nebrija, vemos que, en el año 1492, las conjugaciones del verbo amar en español eran (negritas mías):
ame, amaste, amo, amamos, amastes, amaron
es decir, todas las personas eran ya como las actuales, excepto la segunda persona del plural, qué seguía siendo como la segunda persona del singular con una s añadida al final.
En la Primera gramática de la RAE (página 93), vemos que las formas del pretérito perfecto eran ya en el año 1771 como son hoy (negritas mías):
amé, amaste, amó, amamos, amasteis, amaron
Buscando en la hemeroteca digital de la BNE, aparecen 1041 resultados de hicistes frente a 48811 de hiciste. En algunas de las obras donde aparece hicistes, también aparecen otros verbos conjugados en la segunda persona del singular del pretérito perfecto acabados en -ste.
Concluyo por tanto que la forma sin -s final de la segunda persona del singular del pretérito perfecto siempre ha sido la más común y la aceptada por las Gramáticas españolas, mientras que la forma incorrecta con -s probablemente es relativamente reciente. Aventuraría que la forma con -s surgió después de que la segunda persona del plural tomara la terminación -steis, porque antes de esto, las formas de singular y plural habrían sido indistinguibles.