En manuscritos medievales, la tilde, o, más bien, la raya horizontal sobre la letra precedente, no indicaba la duplicación una letra, sino una m o n omitida. Por eso hoy se usa en varios idiomas, como el portugués, para indicar nasalización. Es uno de los pocos signos de abreviación medievales que sobreviven (aunque no con la función original).
Que yo sepa, no había marcas de abreviación para letras dobles, o para r o l, y si las había, probablemente no serían muy usadas. El acusativo singular y el genitivo plural del latín (terminación en -m en casi todas las declinaciones) hacen a una abreviación de m algo muy útil y muy usado.
Un poco más de información: https://en.wikipedia.org/wiki/Scribal_abbreviation#Marks_with_independent_meaning