Pues parece que su origen puede estar en sintonía con el otras expresiones como "ni mu" o "ni pío", con el mismo significado y provenientes de onomatopeyas de sonidos de animales. Buscando en el Fichero general de la RAE la voz ñe encuentro una ficha que hace referencia al Glosario lexicográfico del Atlas lingüístico-etnográfico de Colombia, de Montes, Figueroa, Mora y Lozano, publicado en 1984, que afirma lo siguiente:

ñe, onomatopeya de la voz del toro.

Dado que Colombia y Venezuela son países vecinos, no sería de extrañar que dicha onomatopeya sea conocida también en este, y que se usara para la expresión como sustituto de mu.

Well, it seems that its origin may be quite similar to the origin of other expressions such as ni mu or ni pío, with the same meaning and coming from onomatopoeias of animal sounds. Searching the word ñe in the RAE's Fichero general, one of the files found references the Glosario lexicográfico del Atlas lingüístico-etnográfico de Colombia, from authors Montes, Figueroa, Mora and Lozano, published in 1984, which says the following:

ñe, onomatopeya de la voz del toro.

Translated: ñe is the onomatopoeia of the sound of a bull in Colombia.

Given that Colombia and Venezuela are neighbor countries, it wouldn't be strange that that onomatopoeia is also known in the latter, hence people would just use it in place of mu, the onomatopoia of the sound of a cow.