You don't use por ciento to ask, you use porcentaje:
¿Qué porcentaje de alumnos son niños?
¿Cuáles son los porcentajes de nitrógeno y oxígeno en el aire?
¿Cuánto porcentaje de grasa tienen las salchichas?
Or tanto por ciento (see 12th entry in the dictionary):
¿Qué tanto por ciento de sal debería haber en la receta del pan?