Acabo de toparme con esto:

>En las noches, los ciudadanos del Imperio Romano construí­an sus camas rellenando con paja un saco de tela. La paja debí­a ser vaciada cada noche para secarse, por eso, las camas tení­an que volverse a hacer cada noche. Esta práctica continuó hasta el siglo XV, y en algunos paí­ses todaví­a más tarde. De ahí­ proviene la expresión “hacer la cama”.

> Fuente: [este blog][1]

La verdad es que es una de esos artículos en los que algunos de los orígenes de los dichos son creíbles e incluso contrastados y otros sabemos de sobra que son falsos, con lo cual no sabemos hasta qué punto fiarnos de los que no conocemos el origen. Eso sí, es [verificable][2] que los romanos hacían sus camas de este modo.

[Wikipedia][3] sí corrobora que 

>El término «hacer la cama» proviene de la Edad Media, cuando las camas se construían tan solo con un manojo de paja que se extendía sobre el suelo o sobre un banco elevado. En vista de que la paja se recogía diariamente para secarla al sol o destinarla a otras funciones domésticas, la cama tenía que hacerse literalmente cada noche.1

> (La fuente para esta afirmación es _Las cosas nuestras de cada día, de Charles Panati_.)

Wikipedia aporta otros datos relacionados como que

> «Hacer la cama» es también una expresión coloquial que significa engañar a alguien para obtener algún provecho.

y que

> Una broma popular consiste en hacer la cama de una manera diferente para impedir que la persona entre en la misma. **Se llama hacer la petaca** (sábanas cortas, en Chile), y se realiza metiendo el extremo inferior de la sábana encimera por la cabecera volviéndola luego sobre la manta. De este modo, la persona que intenta entrar no lo consigue, al haber reducido con la sábana el espacio disponible.

Como apunta el [wiktionario][4], la expresión tiene los significados de 

> Actuar a espaldas de una persona de forma de conseguir que esta caiga en desgracia y conseguir una ventaja personal con el cambio de situación. ([hacerle la cama _a alguien_][5])

> Engañar a alguno de manera premeditada y sutil con el fin de obtener provecho de su confusión.

> Preparar el terreno en sentido figurado para algún propósito que se tenga en mente; preparar una jugarreta a alguien.

Y esta última es la acepción que más cuadra, ya que si le preparas a alguien el "saco de paja" o la cama, se la puedes preparar mal de acuerdo a tus propósitos para hacerles una jugarreta o sacar beneficio de su confusión.

Así pues parece ser que "hacer la cama" es como la analogía de que preparas el lugar de descanso de otra persona de manera inconveniente para ella (le rellenas el saco con piedrecitas, no solo paja o plumas, le pones mal las sábanas, etc) para sacar provecho de esta jugarreta.


  [1]: http://ceslava.com/blog/el-origen-original-de-dichos-y-refranes-varios/
  [2]: http://www.infocolchon.com/articulos/historia-colchon.html
  [3]: https://es.wikipedia.org/wiki/Hacer_la_cama
  [4]: https://es.wiktionary.org/wiki/hacer_la_cama
  [5]: https://es.wiktionary.org/wiki/hacerle_la_cama_a_alguien