Leí esa parte y definitivamente le falta una a.
En esa parte Melquíades rompe un frasco de bibloruro de mercurio, ella le reclama por el olor, Melquíades hace una explicación/juego como acostumbraba y es donde viene la frase.
Siempre didáctico, hizo [Melquíades] una sabia exposición sobre las virtudes diabólicas del cinabrio. Úrsula no le hizo caso, sino que se llevó los niños a rezar.
Se entiende que por el mal olor ella no querría estar ahí, y mucho menos con los niños, entonces lo más apropiado sería llevárselos a otro lugar. Decidió llevarlos a rezar que probablemente sería a la iglesia.
se llevó a los niños a rezar.
Es probable que no esté la a porque muchas veces las as se contraen al hablar:
¿Qué vas a hacer hoy?
La a desaparece quedando:
¿Qué vas hacer hoy?
Vas a hacer se contrae, hay dos as juntas y éstas tienden a combinarse. Muchas personas jamás se enteran de que debería haber una a escrita ahí, sin embargo cuando se habla lentamente ahí si se pronuncia, es decir si yo quiero pronunciar cada palabra si aparece, o al menos debería porque es la combinación:
Ir a + verbo en infinitivo:
Voy/vas/va/vais/vamos/van a:
comer
hablar
caminar
hacer
hablar
Sí se juntan bastante llevó y a , pero me parece que sí se escucha claramente la a. Es probable que se haya tratado de un error o quiso hacer el diálogo más acorde a la pronunciación real [aunque repito considero que si se escucha la a].
- se llevó a los niños a rezar
En el habla rápida la pronunciación quedaría como:
- se llevoá los niños a rezar
Respondiendo a tus preguntas. Cuando dice:
Se llevó los niños
Quiere decir que ella llevó a los niños a algún lugar, se usa se porque los niños son pequeños entonces ellos son manejables y responden a la voluntad de la persona a cargo, por lo tanto ella se los puede llevar como si de una cosa se tratase.
sino que le llevó el niño a rezar
A mi parecer no está mal y se entiende bien pero yo lo diría como:
sino que le llevó al niño para rezar
Aquí Úrsula está llevando a los niños con una persona en especial, y los está llevando para que recen pero no tiene nada que ver con el significado del principio que es, llevar a los niños fuera a rezar.