"Algunas veces" es una locución adverbial, funciona como un adverbio (sinónimo: "ocasionalmente"). En general, la regla es : el adverbio que modifica un tiempo verbal compuesto (en este caso, pasado pluscuamperfecto) no debe colocarse entre el "haber" y el participio.
Según esta regla:
Incorrecto: Ellos habían algunas veces leído las instrucciones
Correcto: Ellos habían leído algunas veces las instrucciones
Es verdad que, en la práctica, algunas violaciones de esta regla son frecuentes.
¿Has acaso meditado las consecuencias de tu acción?
Sin tu ayuda, habría seguramente perdido la partida.
Cuando llegué, él había apenas empezado la tarea.
Estas formas son tolerables, pero incorrectas - en todos los casos es preferible colocar el adverbio después (o antes) del verbo compuesto.
Ejemplos:
Este texto de Mariategui incluye no uno sino dos adverbios:
Perdí una pierna y me quedé muy delicado. Habría seguramente ya
curado del todo con una existencia reposada. Pero ni mi pobreza ni mi
inquietud espiritual me lo consienten.
Preferible: "Habría curado ya del todo, seguramente, con una existencia reposada"
Y un párrafo de Ortega y Gasset:
Si Luzbel hubiera sido ruso, como Tolstoi, habría acaso preferido este último estilo de rebeldía...
Preferible: "... habría preferido acaso... "