En el apartado 24.2 de la Nueva gramática de la lengua española de la RAE se explica esta particularidad:
El pretérito imperfecto de subjuntivo (CANTARA o CANTASE) es el tiempo más complejo del modo subjuntivo, tanto por los contextos sintácticos en los que se usa como por la variedad de los significados que expresa.
La variante en –ra del imperfecto procede del pluscuamperfecto de indicativo latino (amaveram ‘había amado’), mientras que la variante en –se procede del pluscuamperfecto de subjuntivo latino (amavissem ‘hubiera amado’). Esta última forma sustituyó a su vez a amarem, que era originalmente pretérito imperfecto de subjuntivo. La sustitución de amarem por amavissen empezó por darse en contextos modales, en especial condicionales, lo que anticipaba el importante cambio gramatical que CANTARA experimentó en la historia del español.
En el ejemplo, se trata de un caso que cumple la función del pretérito pluscuamperfecto de indicativo, había sido, y no del pretérito perfecto de indicativo, fue. Es decir, que equivale a:
… en el suelo del decrépito edificio colonial que había sido por dos días el cuartel general de Francis Drake.
Por eso, la traducción al inglés es correcta: had been ("había sido").
Otros ejemplos en la literatura
Está forma verbal del subjuntivo que posee valor de indicativo es más utilizada en la lengua escrita, y muy poco en la verbal. Veamos algún ejemplo:
No es ya Montevideo la ciudad humilde que él dejara al partir. (J. E. Rodó)
Clarín, el buen maestro, fracasó también en la ayuda que me prestara. (Azorín)
A San Fracisco de Asís le habrá dado un vuelco el corazón en el pecho; aquel pecho abierto al amor de los animales, que en verso piadoso cantara el pagano Rubén. (C. J. Cela)
