La locución "después de que", cuando expresa posterioridad, puede usar indicativo o subjuntivo, como se explica en el 25.14h de la Nueva Gramática de la Lengua Española:
Cuando después expresa posterioridad, rechaza el futuro [...]. En estos contextos temporales, alternan indicativo y subjuntivo el español americano. El uso del subjuntivo es compartido por el español europeo, en el que constituye la opción mayoritaria.
Es decir, en el español europeo, se usa mayoritariamente el subjuntivo. En el español americano, se utilizan ambos (indicativo o subjuntivo). En el ejemplo de la pregunta, al referirse a un evento en el pasado, las opciones serían: indicativo (pretérito perfecto simple):
- Francisco Sagasti se ha convertido en el tercer presidente de Perú en una semana, después de que los diputados destituyeron el pasado 9 de noviembre a Martín Vizcarra.
o subjuntivo (pretérito imperfecto):
- Francisco Sagasti se ha convertido en el tercer presidente de Perú en una semana, después de que los diputados destituyeran el pasado 9 de noviembre a Martín Vizcarra.
Al no existir un pretérito perfecto simple en subjuntivo, el pretérito perfecto simple de indicativo se transforma en el pretérito imperfecto de subjuntivo.