Pues por lo que aparece en el Diccionario de americanismos, parece que las suposiciones de que proviene de Chile y que hace mención a una acción colectiva son correctas, mas no así la suposición del significado de "matar a alguien".
funar(se)
III. 1. tr. Ch. Organizar actos públicos de denuncia contra organismos o personas relacionados con actos de represión delante de su sede o domicilio.
A juzgar por la definición, esto es lo que en España se viene conociendo como hacer un escrache. Se trata de una forma de protesta en la que un grupo de gente se establece delante de la casa de algún político o alto cargo como forma de protesta y presión para conseguir un determinado objetivo.
Por tanto, entiendo que en tu ejemplo de "vamos a funar a tal" lo que quiere decir no es que lo vayan a matar entre todos, sino que van a ir a esperarle a la puerta de su casa o lugar de trabajo para increparle, denunciarle, abuchearle, lo que sea.
Para más información, el Wikcionario provee una definición similar pero con connotaciones ligeramente distintas:
Efectuar un acto público de agravio y denuncia (una funa), contra una persona o entidad que ha cometido una mala acción o un crimen, usualmente frente a su domicilio o sede. Ocasionalmente se efectúa en el lugar en el que se cometió un crimen.
Entiendo que este significado será el que ha llegado a México. Ahora bien, ignoro si allí el significado se ha ampliado y las protestas son de tal calibre que llegan a implicar la muerte del funado. Esto nos lo deberá aclarar alguien del país.
