En el poema citado, la palabra espacio (y su plural poético espacios) se refiere realmente al espacio exterior (en la primera cita) y al aire libre o espacio en general (en la segunda). La forma enrevesada de la primera cita, sobre todo, complica la interpretación. Es un hipérbaton:
"Cruzando del espacio la negra sombra / Filtran por la ventana rayos
de luna"
equivale a
"Rayos de luna, (que vienen) cruzando la negra sombra del espacio,
filtran por la ventana."
La referencia a los rayos de luna deja en claro que se está hablando de la oscuridad del espacio exterior.
En la segunda cita yo interpreto “los espacios” donde “la noche cierra” como todo lo que hay fuera de la habitación (“tu estancia”), es decir, el aire libre, el exterior. “La noche cierra” es una expresión extraña. Decimos “noche cerrada” por “alta noche, noche totalmente oscura”. Para el verbo yo usaría una forma pronominal, “la noche se cierra”, pero esto es un poema, así que se permiten algunas licencias.