Nunca es fácil responder una pregunta de "¿por qué?" referida a la etimología, porque las palabras evolucionan a veces de formas caprichosas. En el caso de sexto vs. bisiesto la diferencia es clara: la primera es una forma culta, adoptada directamente del latín "salteándose" la evolución fonética normal del romance, mientras que la segunda es una forma vernácula con una evolución regular: diptongación de la e laxa (antes e corta) en sílaba acentuada, y simplificación de /ks/ en /s/ en final de sílaba.
Por qué siguieron estas rutas diferentes es imposible de responder. Resulta un poco raro porque normalmente las palabras cultas son las menos frecuentes, pero bisiesto es y seguramente siempre fue una palabra mucho menos frecuente que sexto. Que esta evolución divergente podía ocurrir en este caso particular queda probado por un doblete exacto: siesta vs. sexta, donde siesta deriva del latín sexta (hora). Chequeando en el CORDE hay una instancia de siesto como ordinal en un texto de 1494 que hace una lista de ríos (citando algunos ordinales como palabras y otras como números romanos):
... primero, que aparta los judios de los arabios, de los quales los
unos creyen en Dios & los otros adoran los idolos. El ii. es que se
abrio maravillosamente ante los hijos de Israel (...) El
siesto es que la agua suya fue santificada tocando la muy santa carne de nuestro Redemptor quando ende fue babtizado & ordenado el
santo sacramento de babtismo por el cual nos somos salvos, como es
escripto en el .ii. capitulo de Sant Lucas. El septimo es que dende
vio Sant Juan Babtista (...)
Hay también muchos ejemplos de sesto, que es una simplificación fonética sobre sexto, seguramente posterior al lapso en que se diptongaron las vocales laxas del latín vulgar. Con esto y la persistencia de la palabra siesta basta para establecer que la evolución normal del latín de hecho se produjo, pero quedó anulada más tarde en el caso del ordinal. Pienso que quizá el ordinal, aunque se use muy seguido, debía aparecer especialmente en escritos legales y académicos, donde habría tendencia a restaurar las formas latinas, mientras que bisiesto no sufrió esa presión (y desde luego tampoco siesta, institución popular si las hay).
