Respecto a “presidente” es el antiguo participo activo del verbo “presidir”. con el sufijo “-ente” (de entidad) que como “-ante” o “-iente” forma adjetivo verbales.
Otros adjetivos verbales son ayudante, agobiante, gobernante, veraneante, absorbente, dirigente, dependiente, crujiente, ...
Entonces, "crujiente " ¿es femenino o masculino? ¿Deberíamos decir "el pan es crujiente" pero "las uvas pasas no son crujientas"?
Cierto es que cuando estos adjetivos se sustantivan ("el protestante") en algunos casos se ha generado de forma natural una forma femenina ya plenamente aceptada por la RAE ("la dependienta") aunque no siempre se usa de forma consistente (se sigue usando "la dependiente").
Pero en la mayoría de los casos no es así (¿o alguien dice "la estudianta adolescenta es una protestanta integranta del coro de la capilla ardienta"?). Por mucho que algunas feministas vean influjos machistas en algunas palabras terminadas en "-ente", en realidad son neutras, y se refieren tanto a un ente como a una entidad.
El caso de "jefa" es parecido, aunque no sea un adjetivo verbal, por cuanto es una feminización admitida por la RAE de "jefe" que deriva del barbarismo "chef" (también admitido por la RAE) y éste a su vez del latín "caput" (cabeza en el sentido de cabezilla o capitán).
Pero "jefe" termina con la neutra "e". Y si vamos al origen, "jefa" no deriva de "chefa". Además, "Chef" es hoy una palabra de uso corriente y a nadie se le ocurre feminizarla. Es más, tampoco nadie diría "el cabezo de familia" ni "la cabeza de familia" (si habla de un padre, ni "el cabezillo de los bandoleros". En cualquier caso son palabras que describen quién está al mando, no el sexo que tiene. Esto es más evidente cuando emplea como adjetivo: la "jefa de enfermeras" se convierte en la "enfermera jefe", (no en la "enfermera jefa").
Por tanto, por más que se admita "la presidenta" o "la jefa" y sea además la tendencia actual, lo más ortodoxo sería emplear "la presidente" y "la jefe".