El verbo chiflar aparece en diccionarios desde 1570, traducido a otros idiomas como el francés (sifler, chifler) o el italiano (fischiare, sischiare, suffolare). Covarrubias en 1611 lo define así:
CHIFLAR, es hazer con la boca un cierto sonido, a modo de silvo; y muchas vezes en señal de hazer burla, y escarnio de alguno, del qual dezimos que le chiflan los muchachos.
Así que básicamente chiflar y silbar eran sinónimos. En 1617 un diccionario lo traduce al inglés como to whistle, así que parece que no hay duda. Sin embargo, en 1620 un diccionario ya lo traduce al italiano así: bere bene ("beber bien"), y chiflador lo traduce como gran bevitore ("gran bebedor").
En 1729 el Autoridades ya lo recoge, además de como "silvar" (así está registrado) y como "mofar, hacer burla y escarnio", como "dar por perdida y sin remedio una cosa" y como:
CHIFLAR. Por alusion se dice y toma mui comunmente por beber, y con particularidad vino, con prestéza y en cantidad.
No lo pone expresamente, pero yo diría que la acepción de "beber" debe provenir por la forma en que se ponen los labios, similar tanto al silbar como al acercar los labios la copa de vino.
Por tanto, efectivamente parece que el sentido de chiflado como "bebido" es mucho más antiguo que el de "loco", el cual surgió mucho después.
... y, metiendo la pipa entre los cristales de aquel néctar suavísimo, empecé a chiflar de tal suerte que no sentí la frialdad del mar ni el rocío de la mañana.
Anónimo, "La vida y hechos de Estebanillo González", 1646 (España).
Curiosamente, no encuentro usos del participio chiflado como "bebido". Encuentro un caso en el siglo XVIII con el sentido de "hurtado" ("perdido sin remedio", como decía el Autoridades), y luego ya otros a finales del XIX ya con el sentido de "loco". En todo caso, el Autoridades y demás registran chiflado como el participio de chiflar simplemente.