No. Sobretodo junto nunca puede sustituir a sobre todo separado. Solamente usaremos sobretodo para referirnos a una ropa de abrigo.
Sobre todo quiere decir especialmente, por encima del resto de cosas, por lo que tu frase correctamente escrita sería:
Me gusta el fútbol. Sobre todo cuando gana mi equipo.
Esto es: Me gusta el fútbol. Por encima del resto de cosas / especialmente cuando gana mi equipo.
Sin embargo, sí existe la palabra sobretodo y es lo que a veces crea confusión. Ahora bien, es una pieza de vestir:
sobretodo
1. m. Prenda de vestir ancha, larga y con mangas, en general más ligera que el gabán, que se lleva sobre el traje ordinario.
2. m. Am. Abrigo o impermeable que se lleva sobre las demás prendas.
El Diccionario panhispánico de dudas habló de ello en su artículo todo, -da:
9. sobre todo. ‘Especialmente, principalmente’: «Me encanta la música ligera, sobre todo cuando es lenta» (Nieva Señora [Esp. 1980]). Es locución adverbial y se escribe siempre en dos palabras. No debe confundirse con sobretodo, sustantivo masculino que significa ‘prenda de vestir, larga y con mangas, que se lleva encima de las demás prendas’ y que, en América, se emplea como sinónimo de abrigo: «Albert Camus posa con el cuello del sobretodo levantado para enfrentar el frío parisino» (González Habano [Cuba 1998]).