EE. UU. es una abreviatura, no son siglas. En la entrada sobre abreviaturas del DPD explica este caso:
En abreviaturas formadas por una sola letra, el plural se expresa
duplicando esta: ss. por siguientes, EE. UU. por Estados Unidos.
Cuando son siglas no se duplican las letras aunque sea plural.
En una pregunta en la que se trató este tema ¿Cuándo se duplican las letras iniciales en las abreviaturas? ¿Cómo se deben escribir? no pudimos encontrar ejemplos en los que solo algunas de las palabras de la abreviatura fueran en plural aunque en teoría solo las palabra que son en plural se duplicarían.
Para completar la respuesta añado lo que dice @guifa en su comentario para saber como diferenciar siglas y abreviaturas:
Las siglas se leen como están escritas o si no es posible letra a letra (ONU se lee onu), las abreviaturas se leen como si la palabra estuviera completa (EE. UU. se lee Estados Unidos).