Consultando a un par de personas que se especializan en la literatura del Siglo de Oro, me apuntaron a trabajos de Fidel Sebastián Mediavilla, de la Universitat Autònoma de Barcelona, que estudió la puntuación y la ortografía de muchas obras del período. No he podido conseguir muchas de ellas, naturalmente, pero sí leer un par de trabajos en línea. Cito:
Por lo común, un escritor de nuestro Siglo de Oro no prestaba mayor
atención a la ortografía con que se habían de imprimir sus textos.
Contaba con que era competencia del personal de la imprenta
(corrector, amanuense, cajistas), del mismo modo que hoy, por lo
común, se deja a su buen entender la tipografía. Había casos
excepcionales (...). Pero, aunque se tuviera especial empeño en ello,
si no se estaba muy encima del proceso de confección del impreso, el
criterio que prevalecía era el de cada imprenta.
Dice también que se usaba mayúscula después de los dos puntos cuando servían para dar paso a una cita (no había comillas), e incluso cuando seguía discurso indirecto. También aparecían las mayúsculas al comienzo de cada línea de verso, lo cual hacía que algunos copistas o imprenteros, confundidos, insertaran un punto y aparte antes, cortando así la oración.
Carlos Mata Indurain, de la Universidad de Navarra y el Instituto de Estudios Auriseculares, dice:
Sin haber estudiado el tema, mi idea sobre los textos del XVII es que
no había reglas fijas a la hora de puntuar, y tampoco sobre el uso de
mayúsculas y minúsculas. La cosa quedaba al criterio de cada autor,
pero también de los copistas, tipógrafos, etc.
Sobre las mayúsculas, constata lo ya visto:
Y, efectivamente, basta con leer cualquier texto impreso en el XVII
para darse cuenta de que había cierta tendencia a la "mayusculitis".
Cualquier palabra considerada especialmente significativa (Rey,
Monarca, Fe, Religión, etc.) suele ir en mayúscula, pero no solo
esas...
Los gentilicios y etnónimos también suelen ir en mayúsculas: Francés,
Portugués, Gitano, Hebreo... Y los nombres de elementos de la
naturaleza: Sol, Luna... Y los meses del año: Enero, Febrero...
En el caso de los manuscritos, el copista puede poner en mayúscula
cualquier palabra que a él le parezca relevante o significativa, sin
ningún criterio especial más allá de su gusto personal... Y a la
inversa, es frecuente encontrar con minúscula nombres propios: juan,
dios...
Por todo esto parece que en realidad la norma es que no había ninguna norma formal, sino sólo costumbres. Esto cambió recién con la Ortographia de 1741 (ver versión reducida), pero la norma impuesta en ese momento era de una mayusculitis galopante: además de al principio de oración, párrafo, etc. y después de cada punto, debían ir en mayúscula
los nombres propios, assi de personas, como de animales en todas sus
especies: de árboles, plantas, y metales, ó minerales: de ciencias, y
artes: de Reynos, Provincias, Ciudades, Villas, y Lugares: de montes,
mares, rios, fuentes, &c. Lo mismo se ha de usar en los sobrenombres,
ó apellidos, y en los renombres, ó títulos de autoridad, dignidad, ó
fama, y también en los cargos, y empleos honoríficos, y en los oficios
públicos de cualquier calidad que sean. También (...) aquellos nombres
apelativos, que llaman colectivos, porque significan muchas
personas, ó cosas juntas, y unidas de algun modo: v. g. Religion,
Comunidad, Consejo, Ayuntamiento, Tribunal, Universidad, Colegio,
Reyno, Provincia, Ciudad, y assi otros muchos.
P.S.: Esto no explica lo que se ve en el Diccionario de Autoridades pero nos da una cierta base para suponer que quizá las mayúsculas se siguieron utilizando para dar énfasis a algún concepto, quizá especialmente a los colectivos y genéricos.