Es difícil responder, pero creo que se trata de caso parecido al de las expresiones del tipo «el hecho de que» (sobre las cuales, coincidentemente, hiciste una pregunta). En una fuente leemos que el hecho de que...
Suele ir seguido del verbo en subjuntivo porque no está informando al
oyente de nada nuevo, sino haciendo un comentario sobre una
información consabida; cuando la expresión encabeza la frase, casi
siempre va seguida del subjuntivo por este motivo. En cambio, cuando
se trata principalmente de informar, o declarar un hecho, suele ir en
indicativo.
"Si la información compartida se coloca normalmente al inicio de la
oración, en una oración que comienza con 'el hecho de que' se supone
que este hecho es ya conocido por los interlocutores, de modo que lo
que expresa la oración subordinada es un juicio de valor sobre ese
hecho conocido, por lo que la oración subordinada (V2) se emplea el
modo subjuntivo".
Esto suele confundir a los estudiantes de español ya que parece que
estamos hablando de hechos reales y no de un juicio sobre estos
hechos, pero si te fijas bien te darás cuenta de que en la mayoría de
los casos se ve que la principal intención del hablante no es la de
informar o declarar un hecho, sino opinar sobre él.
En tu ejemplo, «las casualidades de que ella entrara» tiene esta misma estructura.
El texto debe haberse referido ya a las supuestas casualidades, o bien (si es un texto literario, como parece serlo) el autor quiere mostrar con el uso del subjuntivo que estas casualidades eran habituales y que no son el tema de la oración: lo importante, el tema, es que las mismas «habían quedado atrás».
Otra posibilidad es que la propia semántica de la palabra casualidad esté motivando el uso del subjuntivo. La situación parece ser ambigua, por lo cual el subjuntivo expresaría alguna duda o subjetividad. Imaginemos una situación donde no hay casualidad sino que la mujer está entrando siempre al mismo tiempo que el hombre se baña: en vez de «las casualidades de que ella entrara...» diríamos más bien algo así como «las ocasiones en que ella entraba...», con el verbo en indicativo en vez de subjuntivo.
Quizá ambas cosas explican el uso del subjuntivo. No es lo mismo hablar de casualidades (insinuando que no son casuales) que de ocasiones (donde es más claro que hay acciones deliberadas).