En estos casos, lo mejor es comparar el subjuntivo con el indicativo.
Mi impresión es que el segundo subjuntivo simplemente tiene una razón de ser sintáctica: su uso garantiza que la segunda subordinada dependa de la primera y no de la proposición principal. A mi entender, el primer subjuntivo arrastra el segundo. Veamos:
No tiene sentido que hayas pedido tortilla española solo porque estemos en España: (el hecho de) que hayas pedido tortilla española solo porque estemos en España no tiene sentido.
Si usamos indicativo, la oración se vuelve ambigua y la segunda subordinada puede depender de la proposición principal "no tiene sentido". La ambigüedad es mayor si se elimina el adverbio "solo":
No tiene sentido que hayas pedido tortilla española porque estamos en España.
Aunque sería un contrasentido, imaginemos por un momento que en España no se cocina tortilla española. El uso del indicativo podría volver la segunda subordinada dependiente de la principal y no de la primera subordinada:
Como/Puesto que estamos en España, no tiene sentido que hayas pedido tortilla española.
Mi hipótesis es que el segundo subjuntivo vuelve la segunda subordinada indiscutiblemente dependiente de la primera subordinada y no permite ninguna ambigüedad. Imaginemos un caso donde no se dé el absurdo de que la tortilla española no sea típica de España:
No tiene sentido que estés llorando porque estemos lejos.
(En este caso es claro que la persona está llorando porque está lejos.)
No tiene sentido que estés llorando porque estamos lejos.
(Esta oración es ambigua: puede significar lo mismo que la anterior, o bien que, al estar lejos, no tiene sentido el llanto.)