No sé si hay un porqué - este fenómeno ha ocurrido muchas veces con otras palabras por razones obscuras, ej. caballa → yegua, vulpeja → zorro, siniestra → izquierda etc.
No obstante, la palabra para un 'perro' ha sido reemplazada en otras varias lenguas indoeuropeas1:
español
can → perro
catalán
ca → gos
irlandés
cú → madra
inglés
hound → dog
griego
κυων (kuōn) → σκύλος (skýlos)
Y podemos examinar las situaciones en eso:
Etimología
En el catalán, la palabra ca ha sido reemplazado por gos2, una palabra cuyo origen probablemente sea la onomatopeya de la voz con la que se suele llamar el perro3.
Esto es una origen similar de la propuesta de perro:
Origen incierto. Probablemente palabra de creación expresiva, quizá fundada en la voz prrr, brrr, con que los pastores incitan al perro, empleándola especialmente para que haga mover el ganado y para que este obedezca al perro. Compárese el gallego apurrar 'azuzar a los perros'.
- Breve diccionario etimológico de la lengua castellana, Joan Coromines
Y también la origen de su sinónimo chucho:
De la interjección chuch, con que se llama al perro para que acuda.
Motivo de difusión
El inglés dog viene del inglés antiguo docga, que originalmente se refería a un tipo específico de sabueso, el mastín. Esta especie era tan común en Inglaterra que su nombre finalmente se convirtió en la palabra general para perros (este proceso se llama metonimia):
In 14th-century England, hound (from Old English hund) was the general word for all domestic canines, and dog referred to a subtype of hound, a group including the mastiff. It is believed this dog type was so common that it eventually became the prototype of the category "hound".2 By the 16th century, dog had become the general word, and hound had begun to refer only to dog types used for hunting.3 In the 16th century dog was also adopted by several continental European languages as their word for mastiff.4
Puede ser que algo similar ocurrió con can → perro, como ha pasado con cazón → tiburón.
Notas:
1. Todas las palabras antiguas viene últimamente del PIE *kwon-
2. En la mayoría de dialectos (salvo unos de los baleares):
És un mot que ha desaparegut quasi completament del llenguatge viu de Catalunya i València, substituït per son sinònim gos; a les Balears sí que es conserva amb tot el seu poder. dcvb - ca
3. Considera estas variantes en las otras lenguas románicas:
Etim.: probablement de kos o kus, onomatopeia de la veu amb què es sol cridar el ca, i que té variants en totes les llengües romàniques (cf. esp. gozque, ant. fr. gous, port. gozo, it. cuccio, etc.). dcvb - gos