En el DLE no se indica nada sobre la etimología de perro, que por otro lado no parece tener relación con su equivalente en latin (canis), griego (kyōn), francés (chien), inglés (dog, hound), alemán (Hund), etc.
Etymonline indica que su orígen es desconocido, quizás ibero, sin más datos.
En el diccionario de Covarrubias se indica que procede del griego pyr (fuego), dato que es recogido después en el Diccionario de Autoridades, que añade "Otros quieren se dixesse à rodendo pede."
¿Existe alguna otra etimología, o más datos que avalen alguna de las que he encontrado?
EDICION
Como complemento a la respuesta de @Charlie, en Wiktionary encuentro:
La completa carencia de cognados en otras lenguas, así como su tardía aparición hacia mediados del siglo XII, hacen improbable un étimo prerromano; Coromines apunta como más plausible un origen expresivo en la interjección usada para llamar al animal, u onomatopéyica de su gruñido. Viejas teorías que lo relacionaban con el latín petra o, como en la fantasiosa entrada del DRAE de 1737, con el griego antiguo πῦρ (pỹr), carecen por entero de fundamento. Más verosímil es la teoría de que la palabra es de origen gitano
