Meter es más específicamente "introducir", y si le sigue una preposición ésta generalmente será en (o dentro de), mientras que poner es más general. Al menos en mi dialecto (rioplatense) meter y poner suenan igualmente bien (o mal) en casi todas las situaciones, incluyendo la de tu ejemplo. Si alguien me pregunta «¿Qué le has metido a la sopa?» la verdad es que me sonará brusco, quizá descortés, pero sentiría lo mismo si me preguntase «¿Qué le has puesto a la sopa?». El problema está en lo directo de la pregunta y lo que implica, no en el verbo utilizado.
Meter puede sonar un poco vulgar en algunos casos, pero cambiarlo por poner no soluciona el asunto, porque ambos son verbos muy comunes y poco formales. Para evitar este problema se lo puede reemplazar por otros verbos, como colocar, agregar, introducir, etc. Por ejemplo, en una receta de cocina se puede decir:
Coloque un kilogramo de harina en un bol... Agregue dos yemas de huevo... Añada dos cucharadas de azúcar... Vuelque la preparación en un molde metálico... Introduzca el molde en el horno...
O bien si es una pregunta como la de tu ejemplo, aunque sea formal, para ser cortés debe hacerse de otra manera, quizá más indirecta, por ejemplo:
¿Le has puesto algún condimento especial a la sopa?
¿Qué es ese sabor diferente que tiene esta sopa?
Los casos donde suena mal meter en vez de poner dependen del dialecto, pero desde el principio se usa meter para muchas cosas que resultan bruscas o desagradables, como «meterse en la vida de alguien» (entrometerse), «meterse en la conversación» (interrumpir para hablar uno), «meter a alguien en un puesto» (darle un puesto de trabajo a alguien que no lo merece), y frases hechas como «meter mano, meter cizaña, meter la nariz». O sea, el verbo meter está muchas veces asociado a cosas malas en el uso habitual. Quizá por eso a alguien le suena mal en otro contexto.
