Según los diccionarios etimológicos ingleses, falta una l ahí en medio. Te cito primero el Merriam-Webster:
Spanish, from Nahuatl chocolātl, probably an alteration of eastern Nahuatl dialect chikolātl, from chikolli hook (probably used to refer to the beater used to mix chocolate with water) + ātl water, liquid
Y a continuación la web de Etymonline:
c. 1600, from Mexican Spanish chocolate, from Nahuatl (Aztecan) chocola-tl, "chocolate," and/or cacahua-tl "chocolate, chocolate bean." With a-tl "water." In the first form, the first element might be related to xocalia "to make something bitter or sour" [Karttunen]. Made with cold water by the Aztecs, with hot water by the Conquistadors, and the European forms of the word might have been influenced by Mayan chocol "hot." Brought to Spain by 1520, from there it spread to the rest of Europe.
Como ves, las etimologías difieren ligeramente pero ambas coinciden en colocar una l intermedia (chocolātl, chocola-tl) que explicaría la pronunciación actual. Otra explicación la da la web italiana etimo.it (traduzco):
los etimologistas españoles se decantan por CHOCO cacao y LATUL agua
Aunque también menciona la palabra XOCOATL como posible origen. De hecho esta explicación de choco (cacao) y latl (agua) también aparece en el DLE de 1914, tras decir que viene del mejicano chocolatl.
Por su parte, el Breve diccionario etimológico de Corominas dice:
h. 1580. Palabra de origen azteca, pero de formación incierta. Como las noticias más antiguas acerca de la preparación de este brebaje son de que los antiguos mejicanos lo hacían con semilla de ceiba (póchotl) y de cacao (cacauatl), quizá provenga de pocho-cacaua-atl 'bebida de cacao y ceiba', abreviado por los españoles en *chocauatl (en la forma actual pudo haber influjo fonético de otros brebajes mejicanos, como poçolatl 'bebida de maíz cocido', pinolatl 'bebida de pinole', chilatl 'bebida de chile').