Una especulación: la palabra poporote bien podría ser un aumentativo o intensificador de poporo.
Como se indica en Fondéu, un poporo es simplemente un "chichón" en la cabeza, aunque la palabra se restringía a Venezuela (es de origen caribe) y dejó de usarse hace tiempo.
O sea, poporote significaría literalmente "grandísimo chichón", y su valor de "tonto" vendría por el lado del "aturdimiento" que te produce un golpe en la cabeza.
Y probablemente en su origen haya tenido relación con otro poporo más antiguo, que es una calabaza o vasija que acompaña al hábito de mascar coca, y del cual es fácil encontrar información en internet. (Las vasijas y las calabazas suelen acompañar a la cabeza en los juegos de palabras: el mate, la testa, el coco).
(No tengo cómo confirmar las dos ideas anteriores, las planteo solo como posibilidad y porque esto es entretenido. Lo de "gran chichón" me parece posible. Que derive de "calabaza" es dudoso).