1. «hé, hé, hé» como risa
Sí aún en esa época así era una forma de escribir las risas. Mira aquí:
SEM. He, he, he.
ELI. De que te ries? de mal cancer ſea comida eſſa boca deſgraciada y enojoſa.
Además, en las obras de Lope de Vega (por ejemplo) encontramos 'he', 'ha' y 'ay' como risas:
Todos. ha,ha,ha,he,he,he, que todo lo negro me vengan ave, de tuuociontu de ſanto Thome.
El hozico de voſameſe,
he,he,he
me tiene periro, de amore venciro,
ay,ay,he,ay,ay,he
que me morire, que me morire.
El hozico neglo,
he,he,he,
y lo diente dentro, ay,ay,he,
blanco ſobre prieto,he,he,he,
neglo tiene muerto,he,he,he,
si non dà remedio,triſte yo que harè.
El hozico dc vofa meſe,he,he,he,
me tiene pcríro,dc amore venciro,
ay,ay,he,que me morire,ay,ay,he,
hozíco mi dama,hc,.he,hc,
anima me ſaca,ay,ay,he,
aino ſamo ingrata,he,he,he,
con eya me [caſa],ay,ay,he,
no queremo branca,aunque quere â me.
El hozico de voſa meſe,he,he,he,
me tiene periro,de amore venciro,
ay,ay,he,que me morire,que me morire.
2. La evolución de la risa escrita
Con los cambios de sonidos en la lengua española:
j: [ʃ] → [x]
(cc siglo XIX)
h: [h] → ∅
(cc siglo XVII)
La forma de expresar una risa también había cambiado, y se puede encontrar muchísimos ejemplos de 'ja, ja, ja' etc desde el siglo XIX:

Notas:
Until the 15th century both [f-] and [h-] were written as f. However, with the emergence of the phonemic distinction just alluded to, Spanish orthography began to reserve f for the first sound and h for the second. On the other hand, by the 16th century, /h/ was on the way to being eliminated from the phonemic inventory of Castilian Spanish, although the letter h was retained in the spelling system (and remains there, a curious anomaly in an otherwise largely phonemic system).