La etimología popular no siempre es confiable, más bien resulta muy imprecisa. Muchos casos lo confirman.
La frase 'sacar la piedra' cuenta con una expresión análoga: 'sacar de quicio' Desquiciar es literalmente desencajar una ventana o puerta y por extensión semántica, descomponer algo, o exasperar a alguien.
Prefiero, a falta de datos, comparar, y a pesar de que el sentido de las frases hechas no se deduce sino por el conjunto de las palabras que la forman, no por palabras aisladas, 'sacar' es 'colocar algo fuera de lugar' y 'quicio' es la parte donde encaja una puerta o ventana para girar. Sacar de quicio, es colocar a alguien fuera de sí, 'sacar la piedra' también.
Muy usada en Venezuela con la variante pronominal 'me' "Me saca la piedra".
Por cierto, el Mono Kini de Carlos Donoso, el ventrílocuo, usaba mucho la frase: "Me saca la piedra" Que en paz descanse