En el sitio web www.malcolm-x.org
se puede leer lo siguiente referente a un discurso que dio tras la muerte de Kennedy, titulado God's Judgement of White America (The Chickens Come Home to Roost):
This speech is sometimes called "The Chickens Come Home To Roost," because of an answer Malcolm X gave in response to a question following the speech. The question concerned the late President John Kennedy. It was Malcolm X's answer, that the Presidents death was a case of "chickens coming home to roost" -- that the violence that Kennedy had failed to stop had come back to him, this resulted in the Elijah Muhammad silencing him. Malcolm X left the Nation of Islam a short time later.
También he encontrado un texto que dice lo siguiente:
En ese punto, Malcolm perdió los estribos y llegó a afirmar que aquel homicidio venía a significar que las maldiciones siempre vuelven contra quienes las han lanzado, "igual que las gallinas vuelven al gallinero". La Norteamérica blanca, afirmó, llevaba años utilizando todos sus recursos con el propósito de reducir a los negros [...] Ahora, todos esos esfuerzos se estaban volviendo en contra de sus líderes. El público, en Harlem, manifestó su alborozo, y Malcolm, acallando los aplausos, añadió que él se había criado en el campo y que "nunca me puse triste al ver que las gallinas vuelven al gallinero. Al contrario. Es algo que siempre me ha alegrado".
Por tanto, la frase que mencionas en tu pregunta es una referencia a una frase anterior que queda explicada en su momento. De hecho, cuando vuelve a hacer referencia a las gallinas dice que es de campo, por lo que en ese instante está hablando de las gallinas de verdad, y por tanto esa frase tiene sentido traducida literalmente.
No creo que sea una frase hecha ni que proceda de otros idiomas. Simplemente estaba usando una analogía para el concepto del karma y de que las cosas que uno hace se pueden volver contra uno mismo.