¿Sabíais que en el DLE, de hecho, está registrada la palabra crocodilo? Dice que es voz poco usada, pero parece que algo se usa a fin de cuentas.
En todo caso, ambas formas (crocodilo y cocodrilo) aparecen en el diccionario de Covarrubias de 1611. Ya por entonces la versión cocodrilo debía ser la más usada, dado que la entrada de crocodilo redirige a aquella. Eso sí, en la entrada de cocodrilo bien se asegura nada más empezar de decir que
està corrõpido el vocablo de Crocodilo [...].
Para luego pasar a usar "crocodilo" en el resto de la definición. De hecho, en el Diccionario de autoridades (1729) pasa al revés: "cocodrilo" simplemente redirige a "crocodilo". Esto hace notar que, al menos hasta principios del siglo XVIII, la versión "crocodilo" era considerada la culta, y "cocodrilo" vendría a ser algo así como decir "cocreta" (solo que aceptado). Sin embargo, esto no tardó en revertirse, porque en 1780 ya la definición de "crocodilo" redirigía a "cocodrilo".
La explicación es, como dice Paco, una metátesis producida por la mayor facilidad de pronunciación de una variante con respecto de la otra. La diferencia con "cocreta" es que la metátesis se produjo desde el primer momento, de hecho se encuentran casos de "cocodrilo" en textos del siglo XV, pero "crocodilo" no aparece hasta el siglo XVI (negritas mías):
La mandibula somerana non se mueue en njngunt anjmal afueras enel cocodrilo.
Anónimo, "Arte complida de cirugía", a 1450 (España).
...e fázense en aquel río unos grandes animales de cuatro pies que dizen crocodilos...
Rodrigo Fernández de Santaella, "Traducción del Libro de Marco Polo", 1503 (España).
Hasta 1600 podemos encontrar en el CORDE 83 casos (en 36 documentos) de "cocodrilo", y 74 casos (en 16 documentos) de "crocodilo". Desde 1600 hasta 1699 hay 113 casos (en 68 documentos) de "cocodrilo" y 19 casos (en 6 documentos) de "crocodilo". Se nota ya una considerable disminución de "crocodilo" en favor de "cocodrilo".
En el caso de "cocreta", la metátesis no ha pasado de la expresión oral a la escrita, al haberse producido con posterioridad a la introducción de la palabra.
P.D.: Encuentro la siguiente afirmación sobre la etimología de la palabra:
Chantraine da por buena la etimología de Heródoto que lo explica por krókē κρόκη 'guijarro' y drîlos δρῖλος 'gusano', es decir 'lagarto que anda entre los guijarros' que se aplicó primero a las lagartijas, lagartos y finalmente a los cocodrilos.
P.D.2: Gracias a los comentaristas en menéame por aportar palabras con casos similares de metátesis:
- Salchicha cuando debería ser salsicha. En este caso parece que la metátesis ocurrió en italiano, de donde la importamos ya así.
- Costra cuando debería ser crosta (viene del latín crusta).
- Murciélago cuando debería ser murciégalo (del latín mur caecŭlus).
