En español, manteca sí puede referirse a la crema que se obtiene de la leche de vaca (o similar):
manteca
- f. Producto obtenido por el batido, amasado y posterior maduración de la crema extraída de la leche de vaca o de otros animales. Manteca de vaca, de oveja.
Y, en este sentido, mantequilla se refiere especificamente a la manteca de leche de vaca:
mantequilla
- f. Manteca de la leche de vaca.
- f. Producto obtenido de la leche o de la crema por agitación o por batimiento, ya usando máquinas a propósito, ya mazando la leche en odres.
En cualquier caso, el sufijo -illa no siempre forma un diminutivo en sentido literal. La propia definición del DLE lo explica:
-illo, lla
- suf. Tiene valor diminutivo o afectivo. Arbolillo, librillo, guapillo, mentirosilla. Aunque no todos los sustantivos formados con este sufijo tienen auténtico valor diminutivo, suelen aproximarse a él: p. ej., organillo con relación a órgano; molinillo con relación a molino; camilla con relación a cama, etc. A veces, toma las formas -ecillo, -ececillo, -cillo. Panecillo, piececillo, amorcillo.
El caso de mantequilla y manteca, en su uso más general, entraría en la parte que he resaltado en negrita: indica simplemente que la primera se ha nombrado en relación a la segunda, pues tienen el mismo origen y se usa(ba)n más o menos para lo mismo, siendo la diferencia que la mantequilla es más suave y blanda.