Lo correcto es decir las ONG y no ⓧ ONGs.
Del artículo sigla del Diccionario panhispánico de dudas:
3. Plural. Aunque en la lengua oral tienden a tomar marca de plural ([oenejés] = ‘organizaciones no gubernamentales’), son invariables en la escritura: las ONG; por ello, cuando se quiere aludir a varios referentes es recomendable introducir la sigla con determinantes que indiquen pluralidad: Representantes de algunas/varias/numerosas ONG se reunieron en Madrid. Debe evitarse el uso, copiado del inglés, de realizar el plural de las siglas añadiendo al final una s minúscula, precedida o no de apóstrofo: ⓧ CD’s, ⓧ ONGs.
Comentario personal: se parece al caso del francés con los plurales, que se escriben distinto pero se pronuncian igual y es el determinante el que indica el número.