El subjuntivo tiene muchos usos distintos. Aparte de "expresar emoción o sentimiento" sirve también para "Para expresar una opinión con expresiones impersonales como:"
Es necesario que nosotros sepamos los verbos en el pasado.
Es una lástima que Julián no pueda venir a la fiesta.
Es normal que tú te sientas triste por la noticia.
Que es el uso que se hace en este caso
Era solo un indicio de la situación económica de la familia el hecho de que ella estudiara allí
Es solo un indicio de la situación económica de la familia el hecho de que ella estudie allí Cambiado a presenta por si facilita entender el ejemplo
Está expresando una opinión mediante el uso impersonal (como si fuera casi objetivo). "Si ella estudia allí, es que la familia tiene dinero". Es una opinión o deducción. El uso impersonal parece que le concede cierta "validez universal", como si fuera tan obvio que todo el mundo llegaría a la misma conclusión, pero no tiene porqué ser así para ninguno de los ejemplos propuestos (otras personas pueden llegar a una deducción distinta).