Podemos seguir un proceso de "ingeniería inversa" yendo a la entrada de "comer" en el diccionario de la RAE.
Cuando la entrada del DRAE es un verbo, aparece ese botón azul que dice "Conjugar"

Y si lo pulsamos vemos las conjugaciones verbales para el verbo "comer". Ahora, si buscamos "coma" vemos que es la conjugación para primera y tercera persona singular de presente de subjuntivo.
Mi madre me ha preparado un bocadillo de tortilla para que yo coma
Su madre le ha preparado un bocadillo de tortilla para que él (o usted) coma
Esas frases en subjuntivo no expresan una orden, si no más bien una sugerencia, petición, deseo o incluso una decisión que depende de alguien a quien se ha dado una orden, que son algunos de los múltiples usos del subjuntivo.
Coma usted ese bocadillo, que le va a sentar muy bien (Esta es una decisión depende de la persona a quien se dirige un imperativo)
Y, como bien dices en la pregunta, "coma" también es la conjugación de tercera persona singular de imperativo
No coma usted tan deprisa, que le va a sentar mal! Coma más despacio!
Nótese que, aunque indistinguibles, el primer coma es subjuntivo y el segundo es imperativo. Las órdenes van en imperativo cuando la oración es afirmativa y en subjuntivo cuando la oración es negativa.
Como sabes el "ustedeo" se usa para refierse a una segunda persona (en plural o singular) pero usa la conjugación de tercera persona.
Además, el modo imperativo no tiene conjugación de tercera persona (salvo porque es necesaria para la forma "usted") porque no puedes darle una orden a alguien sin hablarle directamente (con lo que usarías una conjugación de segunda persona, y no de tercera).
Si tenemos "que él coma" entonces estamos seguro frente a la forma de subjuntivo.