El subjuntivo puede muy bien expresar una acción hipotética en el pasado, que viene a ser lo mismo que una hipótesis contrafáctica, y es lo que se hace en combinación con si ("Si hubieses hecho esto, no habría ocurrido esto otro"). De manera que no es ésa la razón.
Entiendo que para que + subjuntivo expresa un objetivo hipotético. Si el objetivo debía cumplirse en el pasado como efecto de una acción, la acción debe haber sido anterior. La semántica y la sintaxis entonces no permitirían el uso de un tiempo pluscuamperfecto en la cláusula que expresa el efecto, porque el pluscuamperfecto sirve precisamente para expresar anterioridad.
Supongamos que queremos forzar el uso del pluscuamperfecto del subjuntivo en frases como éstas:
Te di el dinero para que hicieses algo útil con él. Antes de eso te había ofrecido mi ayuda para que no estuvieses solo en esto.
No importa cómo, es imposible transformar gramaticalmente las proposiciones en subjuntivo en pluscuamperfectas. Si yo dijese para que hubieses hecho algo útil con él o para que no hubieses estado solo, sugeriría objetivos anteriores a la acción destinada a producirlo. Me imagino que esto sólo tendría utilidad en un relato de ciencia ficción o fantasía sobre viajes en el tiempo.
