Según indica el NTLLE, la primera vez que "duende" aparece como "encanto misterioso e inefable" es bastante reciente, en 1956; por otra parte, en 1791 apareció por primera vez, y estuvo en el diccionario hasta hace no mucho, la acepción de "tener uno duende" como
Modo de hablar con que se explica que uno trae en la imaginación
alguna especie que le inquieta.
Es obvio que la acepción que nos interesa se usa desde hace mucho antes que su introducción en el diccionario; de lo contrario, Federico García Lorca no habría podido dar, en 1933, su conferencia Teoría y juego del duende; pero no pude encontrar fuentes que indiquen una fecha concreta.
En cuanto a la etimología, encontré dos teorías. La primera es la que postula el artículo "Una teoria sul gioco del duende & F. Garcia Lorca, Gioco e teoria del duende", por Gianni Ferracuti (Studi interculturali Nº 2, 2013), que dice más o menos que
El paso entre el duende como ser y el duende flamenco podría
representarlo el adjetivo "aduendado", ya aplicado a una persona por
Cervantes [mencionado con anterioridad: "Quítenme de allí aquel
músico, si no voto á Dios que me vaya sin ver mas figura; valgate el
diablo por músico aduendado, y que hace de menudear sin citola, y sin
son".]; se puede imaginar que un lugar está "aduendado", poseído por
un duende, y que, por metáfora, se llega a hablar de una persona
"aduendada", o que "tiene duende", en el sentido arriba indicado.
(...) Me interesa además hacer notar que, en la expresión "tener
duende" que aparece también en el contexto de Lorca, hay un individuo
que tiene un duende, y no un duende que posee al individuo: como
habrá modo de aclarar más adelante, el artista "aduendado" no está
poseído.
La otra explicación, que parece más convincente, es la que figura en el texto (no sé si será una tesis) Teoría del duende: Concepto popular vinculado a la experiencia estética del éxtasis, de Odette Fajardo Montaño (Universidad Politécnica de Valencia, 2013):
Este término parece tener su raíz más directa del vocablo duquende
que proviene del caló, lengua gitana con variantes dependiendo de los
lugares donde el pueblo gitano se ha asentado. George Borrow, escritor
e investigador inglés que en el siglo XIX realizó viajes a España para
conocer la cultura gitana, se refiere en su libro Zincali, Gypsies of
Spain a la palabra duquende, que significa espíritu, “Duénde”.
Asimismo, afirma que el origen de la palabra procede del vocablo
gitano ruso Dook, que a su vez proviene de la palabra Dhúka.
Existe además la palabra duquendio que significa según Borrow
“maestro, hombre principal entre los gitanos” y en esto coincide en
parte con R. Campuzano, quien en su diccionario de Orijen, usos y
costumbres de los jitanos, define duquendió como, “maestro, el que
enseña ciencia o arte”. (...) En tanto, la palabra duquelas, que
evidentemente comparte un origen etimológico con la palabra
duquende, tiene un significado que comúnmente se refiere a las “penas” o “dolores”, George Borrow define a la palabra duquip como
dolor. Estas relaciones semánticas resultan interesantes si
consideramos el hecho —que veremos más adelante— de que el duende está
ligado al dolor y a la vulnerabilidad. (...)
Ahora volviendo al
origen etimológico del término duende, Walter Starkie, hispanista
irlandés que siguió los pasos de Borrow, afirma en su Raggle-Taggle
que dukh (palabra que proviene de la lengua gitana de Rusia), es un
espíritu dionisíaco que produce un “raro frenesí orgiástico” que los
“posee de tal manera que llegan a ser como Bacantes de Eurípides en
sus “fiestas” musicales. Esta última definición coincide en gran
medida con la astuta mirada de García Lorca, que contrapone el
concepto de duende con el de ángel y musa.
Con lo cual, según esa explicación, el término vendría de "espíritu", pero no del lado que suponíamos; es decir, no del español "duen de [casa]", sino del habla gitana.