El cambio fonético en cuestión tuvo en realidad dos partes: primero fue un paso de -ct- a -it- (quizá vía algún otro paso intermedio) y luego de -it- a -ch- por palatalización de la t (y con cambio de a precedente por e). Se puede observar cómo en el portugués este mismo cambio se quedó a medio camino (noite "noche", leite "leche", oito "ocho", peito "pecho", etc.).
Este cambio fonético no afectó a todas las palabras por igual sino que, como ocurre habitualmente, las que eran más formales o específicas a algún registro fueron pasadas por alto. Además hubo palabras que fueron adoptadas del latín después de haberse producido el cambio.
El verbo "decir" es sumamente común, pero "bendecir" ya no lo es tanto y su participio menos todavía. Si la palabra bendecir hubiese sido acuñada a partir de decir en su forma moderna, seguramente diríamos bendicho (o biendicho), pero dado que ya existía en latín, imagino que simplemente persistió con cambios menores. La simplificación de -ct- en -t- no es un cambio regular pero está en la misma línea que la de otros grupos consonánticos.
Sería interesante saber cómo la gente pronunciaba realmente maldicto y bendicto, según aparecen en escritos españoles antiguos, ya que la ortografía es siempre más conservadora que la lengua hablada.
