Que una palabra no venga en el diccionario no quiere decir que no exista. Este probablemente sea uno de esos casos de palabra compuesta con significado transparente. Sabemos que encriptar viene en el diccionario, lo único que habría que ver es qué significa el prefijo des-:
des-
- pref. Denota negación o inversión del significado de la palabra simple a la que va antepuesto. Desconfiar, deshacer.
Así pues, si encriptar significa cifrar, desencriptar denota el paso inverso a cifrar, que sería descifrar. Por motivos de ahorro, si una palabra no tiene ningún significado más allá de la suma de sus componentes, no suele aparecer en el diccionario.
Curiosamente, no encuentro ningún caso en el CREA, pero buscando artículos periodísticos aparecen textos como este del diario ABC del 5 de enero de 2002:
Especialistas del FBI trabajan en España en colaboración con la Policía para desencriptar los ordenadores intervenidos a ETA [...].