Aunque no aparezca en el diccionario, en el Fichero General sí que hay una ficha que hace referencia a este significado. Buscando el término "canina", la ficha 73 (PDF) dice:
Canina.- Esqueleto. "La muerte canina".
Esta entrada corresponde a un libro publicado en 1973: "Vocabulario popular malagueño", escrito por Juan Cepas. Sobre el origen del término, la siguiente información está extraída de este artículo del ABC y de la Wikipedia.
En la Semana Santa sevillana sale de procesión un paso al que el pueblo le dio el nombre de "La Canina". El paso representa el triunfo de la santa cruz sobre la muerte, simbolizado por un esqueleto meditabundo, sentado sobre un globo terráqueo, y junto a él un dragón abatido que representa al pecado. La talla original fue realizada en 1691, y en 1693 salió de procesión por primera vez, aterrorizando a los ciudadanos. Sin embargo, al poco tiempo la guasa de la gente se sobrepuso al temor, y Sevilla acabó bautizando al paso como "la Canina". Se dice que la primera expresión escrita de este nombre fue en 1797, aunque no he encontrado el texto.
El darle el nombre de "la Canina" no está claro, pero seguramente tuvo que ver con la acepción de "pasar un hambre canina", dado que aquí en Sevilla se suele usar "la canina" como sinónimo de hambre:
Illo, vamos a comer que tengo una canina que no veas.
También se usa la expresión "estar canino" como sinónimo de estar en los huesos, o no tener dinero (lo uno lleva a lo otro). El caso es que lo que rodea al pasar hambre lleva el apelativo "canina", lo que hace muy plausible que este fuera el origen del mote del paso: la figura que siempre tiene hambre (ya sea por estar en los huesos o tal vez se refiera al hambre de almas que segar).
Un ejemplo de esta guasa es una saeta de Pepe Peregil que decía:
Ay Canina cuánto te quiero
pero cómo te hace falta
un buen caldo del puchero
El caso es que, a partir de entonces, se viene denominando "canina" al esqueleto humano, o simplemente a las calaveras humanas.