According to the RAE in the entry for "ser" in the DICCIONARIO PANHISPÁNICO DE DUDAS, when the subject and predicate are nouns that differ in number, it is normal to match the verb ser with the plural element. There are a few cases when the singular is preferred, such as when the plural element actually refers to a singular concept. You can see some examples of both in this paragraph from the RAE.
DPD entry for Ser, Section 2.1.1.c
c) Cuando el sujeto y el atributo son dos sustantivos que difieren en número, lo normal es establecer la concordancia con el elemento plural: «Mi infancia son recuerdos de un patio de Sevilla» (Machado Campos [Esp. 1907-17] 491); «Todo eso son falacias» (Ott Dientes [Ven. 1999]); «La primera causa de regresión de la especie son las alteraciones de su hábitat» (DNavarra [Esp.] 20.5.99). No obstante, en algunos casos es posible establecer la concordancia también en singular, en especial cuando uno de los dos sustantivos tiene significado colectivo, o cuando, siendo un plural morfológico, se refiere a un concepto unitario: «Quienes desarrollaron la cultura de La Venta era gente de habla maya» (Ruz Mayas [Méx. 1981]); «El sueldo es tres mil dólares al mes» (Donoso Elefantes [Chile 1995]); «Las migas ruleras es un postre que se reserva para la cena» (Vergara Comer [Esp. 1981]).
Therefore, the original sentence was correct because the verb ser would normally match with the plural element even if it is in the predicate of the sentence.
La colección son los objetos que el contenedor mantiene.
I first learned this rule when a billboard in Spain saying "El metro no son solo los trenes," looked wrong to me. I researched a little, assuming that my Spanish was not as good as the Madrid Metro's advertising group. Since then, the rule has stuck (in theory at least) and I remember the metro sentence as a reminder.