Buscando en el NTLLE la etimología de galimatías, he encontrado:
Terreros y Pando 1787
M. Huet cree que esta voz quedó de un pleito, en que se disputaba de un gallo propio de un hombre llamado Matias, y en que los alegatos se ponian en latin; y como el Abogado se embrollase á fuerza de repetir Gallus & Mathias, en lugar de decir Gallus Mathiae, decía Galli Mathias, de donde quedó Galimatias.
Zerolo 1895, RAE 1899, Pages 1914, Rodríguez Navas 1918
Del b. lat ballimatia, címbalo
RAE 1956, RAE 1970, RAE 1984
Del fr. galimatias, invención jocosa del siglo XVI; de galli, gallo, y el gr. μάθεία, enseñanza.
RAE 1992
Del fr. galimatias, discurso o escrito embrollado
RAE 2001 y RAE actual
Del fr. galimatias, discurso o escrito embrollado, y este del gr. κατὰ Ματθαῖον, según Mateo, por la manera en que este evangelista describe la genealogía que figura al comienzo de su Evangelio.
En etimologías.dechile.net se menciona, además:
Otros sostienen que vendría del latín vulgar ballimathia que Isidoro de Sevilla (c. 565-636) glosaba: inhonestae cantationes, canciones obscenas.
En conjunto, parece que a lo largo de los siglos se han propuesto ¡media docena de etimologías diferentes!