Creo que el sentido de "cargar" en la frase de tu ejemplo es una evolución de la acepción 13 del verbo:
cargar
Del lat. vulg. carricāre, y este der. del lat. carrus 'carro'.
- tr. coloq. Incomodar, molestar o cansar a alguien.
A fin de cuentas, las bromas pueden ser pesadas y llegar a incomodar e incordiar a la gente. El ejemplo más antiguo que he encontrado en el CORDE es del autor argentino Carlos Gorostiza, en su obra "El puente" de 1949:
Ronco: Y te rajan del laburo.
Tilo: ¿Por qué?
Ronco: Y... porque no hay trabajo...
Ñato: ¡Claro! ¡Psss!
Tilo: ¿Y por qué?
Ronco: ¿Y por qué qué?
Tilo: ¿Por qué no hay trabajo?
Ñato: Y... porque no se vende tanto como antes...
Tilo: ¿Y por qué?
Ñato: ¡Che, estás cargando, al final!
En este caso, la expresión sí que hace referencia a la acepción 13. Aunque es curioso verla expresada de forma general ("estás cargando") más que dirigida a una persona en concreto ("me estás cargando"). La expresión tal cual la he visto como muy pronto en una entrevista de 1973 realizada en Argentina a Ringo Bonavena:
-¿Vos estudiaste?
-Toda la primaria
-¿Dónde?
-Por todo el barrio.
-¿Y cómo andabas con tu madre?
-¿Me estás cargando? Mi madre es el ser más bueno que hay sobre la Tierra. El más dulce. [...]
Se podría interpretar como que la pregunta ha molestado al entrevistado, dado que el entrevistador estaba haciendo la pregunta en serio sin ánimo de hacer una broma. El símil en España podría ser "¿Te estás quedando conmigo?". Es fácil interpretar la frase como "este tipo tiene que estar bromeando si me hace una pregunta como esa, porque si no está bromeando me está cargando (molestando)". Con el tiempo, la idea que queda en la mente ha sido la de "Estás de broma, ¿no?" que contiene la expresión, y por eso se interpreta como que alguien le está tomando el pelo. Me animaría a decir que se usa cuando la tomadura de pelo es de mal gusto y "carga" (molesta) al destinatario.
