A la pregunta
¿existen palabras en el DRAE que estén marcadas como de uso en pequeñas zonas o ciudades de países de Hispanoamérica, más que en el país entero?
Si nos referimos a palabras de nueva inclusión, la respuesta es:
No
En 2014 al presentar la 23ª edición del diccionario, la vigente, el periódico uruguayo El País entrevistó a Pedro Álvarez de Miranda, director de la obra y bajo el título de Los americanismos crecen en el nuevo diccionario de la Lengua Española podemos leer:
La nueva edición del Diccionario, trece años después de su última salida en 2001, se ha armonizado con el Diccionario de Americanismos, de manera que se "ha acordado la inclusión de los americanismos que se usen al menos en tres países", añadió Álvarez de Miranda.
Por lo que no, por decisión editorial el DRAE de 2014 no debería contener entradas nuevas que se refieran a una región más pequeña que un país.
Otra cosa es que antes de esa fecha ya hubiera alguna, como apunta Rafael en su respuesta.
En el pdf enlazado en la página de la RAE La vigesimotercera edición se menciona:
En cuanto a la MARCACIÓN GEOGRÁFICA, a partir de esta edición se utiliza la marca «Am.» (América) para aquellas acepciones con uso atestiguado en catorce países americanos o más. (...) Además, se ha procurado incorporar en un mayor número de ocasiones la marca correspondiente a España («Esp.»).
Por tanto, parece que la tendencia es de asociar cada palabra a países, en lugar de regiones. Será interesante ver si esto también implica eliminar entradas muy específicas de zonas concretas de España, así como editar las existentes de zonas de Hispanoamérica para asociarlas a un país en lugar de una región.
De hecho, al hilo de un festival cultural mexicano de septiembre de 2016, la BBC escribió un artículo Las primeras palabras latinoamericanas que entraron al diccionario de la Real Academia Española (RAE) en el que aborda esta descompensación, además de realizar un interesante repaso histórico de la evolución de las academias de la lengua:
Una crítica muy frecuente que se le ha hecho al diccionario de la RAE es ser hispanocentrista.
Con la aparición de las primeras academias americanas — la primera fue la Academia Colombiana de la Lengua, fundada en 1871 — la cuota de "americanismos" incluidos en las nuevas versiones del diccionario aumentó de forma considerable.
Y más aún con la Asociación de Academias de la Lengua Española (ASALE), conformada en México en 1951 e integrada por las 23 academias de la lengua española existentes en el mundo.
"Ahora mismo se está decidiendo cómo será el nuevo diccionario, pero se tiene claro que deberá funcionar en pie de igualdad", asegura.
"Que no sea la Real Academia Española la que decida qué voces se aceptan y cuáles no, sino que lo hagan todas por igual".
Como curiosidad, en la noticia de El País Álvarez de Miranda indica que:
"Hemos sido más rápidos de lo habitual aceptando 'tuit' y 'tuitero'", dijo el director de la RAE, José Manuel Blecua.
El diccionario "intenta reflejar como un modelo lo que es la situación de la lengua en estos momentos", explicó Blecua.