Este tipo de oraciones se comenta en el epígrafe 31.1q de la Nueva Gramática Española:
Una subordinada sustantiva puede interpretarse a la manera de un tópico inicial con valor cercano al condicional [...]. En este uso de las subordinadas sustantivas (en un sentido algo laxo del término subordinada), las oraciones alternan con otros grupos sintácticos que expresan puntos de vista del hablante, como por lo que yo sé, hasta donde recuerdo, según mis informaciones, etc. Se ha señalado repetidamente que el concepto de oración subordinada se aplica a estas construcciones de manera impropia.
Por su parte, los paréntesis sirven
[...] para insertar en un enunciado una información complementaria o aclaratoria.
Entre otras cosas, sirven para aislar incisos, elementos suplementarios que aportan precisiones, ampliaciones, rectificaciones o circunstancias a lo dicho.
Poniendo el caso de tus ejemplos, las frases quedarían perfectamente válidas de esta forma:
- El Barcelona tiene veinte internacionales de varios países (que yo sepa).
- Se puso a marcar los pasos, haciéndolos algo cortos (la verdad sea dicha).
- Debía evitar hacer cualquier ruido, porque si lo hacía (Dios no lo quisiera) su mujer se asustaría.
Así expresadas, las frases siguen manteniendo su sentido original incluso si eliminamos los paréntesis, ya que sólo aportan una opinión personal del que habla.