The second option is the correct one:
A y B es lo mismo
A y B son lo mismo
From the article about concordancia (concord?) in the Diccionario Panhispánico de Dudas:
concordancia.
(...)
2. Reglas generales
a) La coordinación de dos o más sustantivos o pronombres en singular, siempre que cada uno de ellos se refiera a un ente distinto, forma un grupo que concuerda en plural con el adjetivo o el pronombre, o con el verbo del que son sujeto: «Rehogar la cebolla y la zanahoria picadas durante quince minutos» (Pozuelo/PzPérez Técnicas [Esp. 2001]); «El oxígeno, el hidrógeno y el carbono los proporciona el medio» (LpzTorres Horticultura [Méx. 1994]); «La sal y el agua son gratis» (Martínez Evita [Arg. 1995]).