Sabemos que el origen de la letra ñ viene del grupo nn, ya que al duplicarse la letra n se cambiaba la pronunciación. Con el tiempo, y para economizar, los copistas comenzaron a representar el grupo nn con una única n y una tilde encima que indicaba la duplicidad. Sin embargo, la duplicación de la l y de la r también da lugar a sonidos diferentes, pero no se crearon las grafías r̃ o l̃ en nuestro idioma.
¿Alguien conoce el motivo de esta discriminación?
En manuscritos medievales, la tilde, o, más bien, la raya horizontal sobre la letra precedente, no indicaba la duplicación una letra, sino una m o n omitida¹. Por eso hoy se usa en varios idiomas, como el portugués, para indicar nasalización. Es uno de los pocos signos de abreviación medievales que sobreviven (aunque no con la función original).
¹ Nota: la línea horizontal y la tilde se usaban también como marcas de abreviación genéricas.
Que yo sepa, no había marcas de abreviación para letras dobles, o para r o l, y si las había, probablemente no serían muy usadas. El acusativo singular y el genitivo plural del latín (terminación en -m en casi todas las declinaciones) hacen a una abreviación de m algo muy útil y muy usado.
Un poco más de información: https://en.wikipedia.org/wiki/Scribal_abbreviation#Marks_with_independent_meaning
Agrego una traducción al inglés que encontré online del libro italiano en el que se basa parcialmente el artículo de Wikipedia: The elements of abbreviation in medieval Latin paleography, de Adriano Capelli (PDF).
~ para abreviaciones en general.