Nota: esta es una respuesta a la segunda pregunta. Editaré la respuesta para incluir la primera pregunta en cuanto encuentre referencias.
En (2) lo importante no es la especificidad del antecedente, sino el que se haya usado un verbo de influencia ("dejar"), que induce el subjuntivo. Este no se limita al verbo inmediatamente subordinado, sino también a otros subordinados a este último (inducción mediata). La NGLE da un ejemplo muy similar al de la pregunta:
(25.12d) Se mencionó en esos apartados que los verbos aceptar, admitir, conceder, garantizar y otros similares son compatibles con los dos modos. El proceso de inducción modal mediata descrito en el apartado anterior —es decir, el esquema sintáctico en que el subjuntivo se convierte a su vez en inductor modal— se obtiene también en estos casos, como en Aceptó que Pelias pusiese las condiciones que quisiera (Reverte, Ulises). Así pues, el modo subjuntivo en pusiese está inducido por el verbo aceptar, pero es a la vez el inductor del subjuntivo en quisiera.
En otras palabras, un verbo subordinado a otro que ya está en subjuntivo también suele ir en subjuntivo. En el segundo ejemplo, "fuera" va en subjuntivo porque los verbos de influencia inducen al subjuntivo, y "decidiera" va en subjuntivo porque está subordinado a "fuera", que está en subjuntivo.
Si se compara el ejemplo de la NGLE con el de la pregunta, se ve un claro paralelismo:
- Aceptó1 que Pelias pusiese2 las condiciones que quisiera3.
- Yo dejé1 que fuera2 Antonio el que decidiera3.
1: verbo principal inductor de subjuntivo.
2: primer verbo subordinado afectado por la acción inductora de subjuntivo del verbo principal (1) mediante inducción inmediata.
3: segundo verbo subordinado afectado por la acción inductora de subjuntivo de otro verbo en subjuntivo (2) mediante inducción mediata.
Si se cambia el verbo inductor de subjuntivo ("dejar") por uno no inductor (por ejemplo, "ver"), el primer verbo subordinado va en indicativo, por lo que a su vez no induce al subjuntivo del segundo verbo subordinado:
- Yo vi1 que fue2 Antonio el que decidió3.
1: verbo principal no inductor de subjuntivo.
2: primer verbo subordinado en indicativo.
3: segundo verbo subordinado en indicativo.