Menudo, -da significa pequeño (-a). Proviene del latín, minutus, que es al mismo tiempo un adjetivo y el participio del verbo minuo, disminuir, empequeñecer. En pocas palabras, etimológicamente menudo significa disminuido, encogido.
Su uso en sentido irónico para significar lo contrario (grande) es una forma de antífrasis:
Designación de personas o cosas con palabras que signifiquen lo contrario de lo que se debiera decir (DRAE)
Este recurso es muy común en distintos países de habla hispana y también en otros idiomas. De hecho es uno de los mecanismos (aunque está lejos de ser el más común) de cambio léxico-semántico —por los cuales una palabra puede cambiar de significado en el plazo de siglos—. P.ej. la palabra awful en inglés, que significa desagradable, a pesar de que etimológicamente (awe+ful) debiera significar asombroso o que inspira respeto.